Le chancre de la base du tronc, résultant de l'infection du greffon à différents niveaux du sol par les champignons Phytophthora, provoque un dessèchement suivi d'un craquellement de l'écorce du greffon. La gomme qui en découle est à l'origine de l'appellation "Gommose des agrumes". Le bois sous-adjacent à la partie desséchée se nécrose et devient brun, caractérisant ainsi la gommose. Le diagnostic au verger consiste à gratter l'écorce desséchée du greffon à l'aide d'un couteau. L'emploi de porte-greffes résistants permet de limiter les dégâts.
Phytophthora est un oomycète qui produit et libère de nombreux zoospores, chlamydospores et oospores. Les zoospores se déplacent sur de courtes distances dans l'eau grâce à leurs flagelles ou sont transportées par la pluie ou l'irrigation. Elles sont attirées par la zone d'élongation des nouvelles racines par les nutriments des exsudats. Après avoir contacté la racine, les zoospores germent et initient l'infection au niveau des pointes des racines, puis progressent dans le cortex, causant la pourriture de l'ensemble du tissu racinaire. Les chlamydospores sont produites pendant les périodes estivales ou lorsque le sol est mal aéré avec une concentration élevée en CO2, sous épuisement des nutriments ou à basses températures. Elles aident l'oomycète à survivre sur les débris racinaires jusqu'au retour de conditions favorables. La pourriture des racines et la gommose du tronc/pied surviennent lorsque les zoospores pénètrent dans le tronc au-delà de l'union de greffe. Les lésions qui se développent sur le tronc ne produisent pas d'inoculum secondaire, mais les épidémies de pourriture des feuilles et des fruits peuvent être causées par un inoculum provenant des parties aériennes de l'arbre et dispersé par le vent ou la pluie. Le cycle de la maladie de Phytophthora peut se répéter lorsque les conditions favorables prévalent avec des tissus sensibles.